การจัดตั้งระบบสิทธิบัตรยุโรปเป็นตัวจักรสำคัญในการขับเคลื่อนตลาดร่วมของสหภาพยุโรป เนื่องจากระบบสิทธิบัตรของสหภาพฯ ในปัจจุบันยังเป็นระบบแยกย่อยโดยเป็นไปตามกฎหมายภายในของแต่ละประเทศสมาชิก ทำให้เป็นอุปสรรคและเกิดความล่าช้าในการที่บริษัทของสหภาพฯ จะนำองค์ความรู้ทางวิทยาศาสตร์ไปสู่การพัฒนาเป็นผลิตภัณฑ์ในเชิงพาณิชย์ อันส่งผลกระทบโดยตรงต่อเศรษฐกิจของสหภาพฯ ในภาพรวม ติดตามความคืบหน้าล่าสุดของการจัดตั้งระบบสิทธิบัตรยุโรปได้ดังต่อไปนี้
 

                    ตามที่สำนักงานฯ ได้รายงานความคืบหน้าเกี่ยวกับการดำเนินการจัดตั้งระบบสิทธิบัตรยุโรป (unitary European patent) มาเป็นระยะๆ โดยในช่วงปลายเดือนมิถุนายน 2555 ประเทศสมาชิกสามารถประนีประนอนกันได้แล้วในเรื่องสถานที่ตั้งของศาลสิทธิบัตร โดยให้จัดตั้งศาลสิทธิบัตรกลางและสำนักงานประธานศาลสิทธิบัตรที่กรุงปารีส และจัดตั้งแผนกคดีสิทธิบัตรด้านวิศวกรรมและเคมีภัณฑ์ที่นครมิวนิคและกรุงลอนดอนตามลำดับ  นั้น    

                     เมื่อวันที่ 13 กันยายน 2555 สำนักข่าว Europeanvoice ได้รายงานว่า ในการตกลงประนีประนอมดังกล่าว ประเทศสมาชิกได้ยอมตามที่สหราชอาณาจักรเรียกร้องคือ  การลดบทบาทของศาลสหภาพยุโรป (ECJ) ลง และเพิ่มอำนาจของศาลสิทธิบัตรโดยการตัดมาตรา 6-8 ออกจากร่างกฎระเบียบเกี่ยวกับการจัดตั้งระบบสิทธิบัตร ซึ่งมาตรา 6 เกี่ยวข้องกับการละเมิดสิทธิบัตรโดยตรง มาตรา 7 เกี่ยวกับการละเมิดทางอ้อม และมาตรา 8 เกี่ยวกับข้อจำกัดสิทธิในสิทธิบัตร    

                     สาเหตุที่สหราชอาณาจักรเสนอให้ตัดมาตราดังกล่าว เนื่องจากไม่ต้องการให้ ECJ มีเขตอำนาจศาลเหนือศาลสิทธิบัตร เพราะเห็นว่า ECJ ไม่น่าจะมีความชำนาญในการตัดสินคดีสิทธิบัตรได้ และการตัดมาตราข้างต้นออกจะเป็นการขีดเส้นแบ่งชัดเจนว่าคดีพิพาทเกี่ยวกับสิทธิบัตรในระบบนี้จะไม่อยู่ภายใต้เขตอำนาจศาลของ ECJ   

                     อย่างไรก็ตาม ที่ประชุมใหญ่ของรัฐสภายุโรปเมื่อวันที่ 3 กรกฎาคม 2555 สมาชิกรัฐสภายุโรปส่วนใหญ่ไม่เห็นด้วยกับการตัดมาตราดังกล่าวออก โดยเห็นว่าการประนีประนอมดังกล่าวที่นำมาซึ่งการตัดมาตรา 6-8 ออกนั้น เป็นการเบี่ยงเบนออกจากร่างเดิมที่รัฐสภาฯ เคยให้ความเห็นชอบในเบื้องต้นเมื่อเดือนธันวาคม 2554 ในสาระสำคัญ จึงได้มีมติให้เลื่อนการลงมติให้ความเห็นชอบต่อร่างใหม่นี้ออกไปก่อน โดยนาย Klaus-Heiner Lehne  ประธานคณะกรรมาธิการกฎหมายของรัฐสภาฯ ได้ขอให้ฝ่ายกฎหมายของทั้งรัฐสภาฯ และคณะกรรมาธิการยุโรปทำการตรวจสอบอีกครั้งว่าข้อเสนอการตัดมาตราดังกล่าวออกจะทำให้ขัดต่อกฎหมายหลักของสหภาพยุโรปหรือไม่ ก่อนที่รัฐสภาฯ จะพิจารณาลงมติต่อไป   

                    แม้ว่าการคัดค้านของสมาชิกรัฐสภาฯ จะไม่ทำให้ร่างกฎระเบียบเรื่องนี้ต้องตกไป   แต่ก็ทำให้เกิดความล่าช้าขึ้นในกระบวนการจัดตั้งระบบสิทธิบัตรดังกล่าว และทำให้เกิดความไม่มั่นใจว่าจะจัดตั้งระบบใหม่นี้ให้แล้วเสร็จและสามารถออกสิทธิบัตรฉบับแรกได้ทันปี 2557   
ตามที่คณะกรรมาธิการยุโรปได้ตั้งใจไว้หรือไม่   

                    ในช่วงสามสิบปีที่ผ่านมาตั้งแต่ได้มีการริเริ่มแนวความคิดจัดตั้งระบบสิทธิบัตรยุโรปดังกล่าว หลายฝ่ายหวังว่าระบบนี้จะเป็นตัวจักรสำคัญในการขับเคลื่อน EU single market เนื่องจากระบบสิทธิบัตรของสหภาพฯ ในปัจจุบันยังเป็นระบบแยกย่อยโดยเป็นไปตามกฎหมายภายในของแต่ละประเทศสมาชิก ทำให้เป็นอุปสรรคและเกิดความล่าช้าในการที่บริษัทของสหภาพฯ จะนำองค์ความรู้ทางวิทยาศาสตร์ไปสู่การพัฒนาเป็นผลิตภัณฑ์ในเชิงพาณิชย์ อันส่งผลกระทบโดยตรงต่อเศรษฐกิจของสหภาพฯ ในภาพรวม    

                    ปัจจุบันบริษัทที่ต้องการคุ้มครองนวัตกรรมของตนในสหภาพฯ จะต้องยื่นคำขอรับสิทธิบัตรในแต่ละประเทศสมาชิก (27 ประเทศ) ซึ่งจะมีค่าใช้จ่ายสูงและใช้เวลานานในการได้รับสิทธิบัตรครบทุกประเทศ ในขณะที่ระบบของสหรัฐฯ สามารถยื่นคำขอเพียงคำขอเดียวให้มีผลครอบคลุมทุกรัฐทั่วประเทศ